8    243
HCoV-229E  TTCCTTAAGC TAGTGGATGA TC-ATGCTTT GG-TTGTTAA TGTACTACTC 
HCoV-NL63  TTCCTTCGAT TAATTGATGA CA-ATGGTAT TG-TCCTCAA TTCCATTTTA 
PRCoV      ATGCTACAAT TAGTGAATGA TA-ATGGTCT AG-TAGTTAA TGTTATACTT 
TGEV       GCATTGACTG TCATAGATGA CA-ATGGAAT GG-TCATTAA CATCATTTTC 
BCoV       ATTTTGCAGA CACTGTGTGG TATGTGGGGC AAATAATTTT TATAGTTGCC 
HCoV-OC43  ATCTTGCAGA CACTGTGTGG TATGTGGGGC AAATAATTTT TATAGTTGCC 
MHV        TCCTTACAGA CACAGTATGG TATGTGGGGC AGATTATTTT TATATTCGCA 
SARS       CTCATTCGTT TCGGAAGAAA CAGGTACGTT AA-TAGTTAA TAGCGTACTT 

           TGGTGTGTGG TGCTTATAGT GATACTACTA GTGTGTATTA CAATAATTAA 
           TGGCTCCTTG TTATGATATT TTTCTTTGTG TTGGCAATGA CCTTTATTAA 
           TGGCTTTTCG TACTCTTTTT CCTGCTTATT ATAAGCATTA CCTTCGTCCA 
           TGGTTCCTGT TGATAATTAT ATTGAT-ATT ACTTTCAATA GCATTGCTAA 
           ATTTGTTTAT TGGTTATAAT AGTTGTAGTG GCATTTTTGG CAACTTTTAA 
           ATTTGTTTAT TGGTTACAAT AGTTGTAGTG GCATTTTTGG CAACTTTTAA 
           GTGTGTTTGA TGGTCACCAT AATTGTGGTT GCCTTCCTTG CGTCTATCAA 
           CTTTTTCTTG CTTTCGTGGT ATTCTTGCTA GTCACACTAG CCATCCTT-? 

           AC-?TA-ATT AAGCTTTGTT TCACTTGCCA TATGTTTTGT AATAGAACAG 
           AC-?TG-ATT CAATTGTGTT TTACTTGTCA TTATTTTTTT AGTAGGACAT 
           AT-?TG-GTT AATCTGTGCT TCACTTGTCA CCGGTTGTGT AATAGCGCAG 
           ATA-TA-ATT AAGCTATGCA TGGTGTGTTG CAATTTAGGA AGGACAGTTA 
           ATTGTGTATT CAACTTTGCG GTATGTGTAA TACCTTA-GT ACTGTCCCCT 
           ATTGTGTATT CAACTTTGCG GTATGTGTAA TACCTTA-GT ACTGTCCCCT 
           ACTTTGTATT CAACTTTGCG GTTTATGTAA TACTTTG-GT GCTGTCCCCT 
           ACTGCG-CTT CGATTGTGTG CGTACTGCTG CAATATTGTT AACGTGAGTT 

           TTTATGGCCC CATTAAAAAT GTGTACCACA -TTTACCAAT CATATATGCA 
           TATATCAACC AGTTTATAAA ATTTTTCTTG -CTTACCAAG ATTATATGCA 
           TTTATACACC TATAGGGCGC CTGTATAGAG -TTTATAAGT CTTACATGCG 
           TTATTGTTCC AGCGCAACAT GCTTACGATG -CCTATAAGA ATTTTATGCG 
           TCTATTTATG TGTTTAATAG AGGTAGGCAG TTTTATGAGT TTTACAATGA 
           TCTATTTATG TGTTTAATAG AGGTAGGCAG TTTTATGAGT TTTACAATGA 
           TCTATTTATT TGTATGATAG GAGTAAGCAG CTTTATAAGT ATTATAATGA 
           TAGTAAAACC AACGGTTTAC GTCTACTCGC GTGTTAAAAA TCTGAACTCT 

           CA-??TAGAC CC-??TTTCC CTAAACGAGT TATTGATTTC TAA
           AA-??TAGCA CC-??TGTTC CAGCTGAAGT ACTAAATGTC TAA
           AA-??TTGAC CC-??CCTCC CCAGTACTGT TATTGACGTA TAA
           AA-??TTAAA GCATACAACC CCGATGGAGC ACTCCTTGCT TGA
           TG-??TAAAA CC-??ACCAG TTCTTGATGT GGATGACGTT TAG
           TG-??TAAAA CC-??ACCAG TCCTTGATGT GGATGACGTT TAG
           AGAAATGAGA CT-??GCCCC TATTAGAGGT GGATGATATC TAA
           TC-??TGAAG GA-???GTTC CTGATCTTCT GGTCTAA-?? -??